Entinen sisäministeri Kari Rajamäki kertoo ajaneensa Matti Saarelaisen eroamaan Ulkomaalaisviraston johdosta vuonna 2003. Syynä potkuihin oli Matti Saarelaisen alaisena toimineen naisen lahjusrikos. Kyseinen naisvirkailija oli ottanut maahantulijoilta rahaa myötävaikuttaakseen oleskelulupien myöntämiseen. Kyseisen naisen taustat ovat Virossa.
Matti Saarelainen oli siirtänyt lahjuksia ottaneen naisen toimistosihteerin tehtävistä osastosihteerin tehtäviin. Osastosihteerinä hän oli ottanut maahantulijoilta lahjuksia oleskelulupien myöntämisen helpottamista vastaan. Osastosihteeri otti lahjuksia erityisesti Turkista ja lisäksi myös ainakin Venäjältä tulevilta maahantulijoilta.
Kun lahjustapaus tuli julki jo vuonna 2003 sisäministeri Rajamäki ilmoitti ylijohtaja Saarelaiselle, että hänen tulisi erota. Eroamisvaatimus tuli julkisuuteen vasta hiljattain. Erovaatimusten syynä oli Saarelaisen antama ylennys lahjuksia vastaan ottaneelle naiselle. Rajamäen mukaan erovaatimus piti tehdä Saarelaiselle selväksi kahteen kertaan. Saarelainen kiistää, että hänellä olisi ollut jokin taka-ajatus naisen ylentämisessä ja arvelee että ylennyksen olisi tehnyt joku muu kuin hän itse. Saarelainen sanoo myös, ettei muista enää, miten tapaus aikoinaan meni.
Saarelaisen Ulkomaalaisvirastosta lähdön todellista syytä ei kerrottu tuolloin julkisuudessa. Hänet palkattiin suoraan Suojelupoliisiin (Supoon) päälliköksi eteläiselle alueelle. Supo tiesi jo tuolloin, että Saarelainen oli auttanut Timtsenkoa saamaan Suomen kansalaisuuden vuonna 1999. Timtsenko on Putinin läheinen kumppani. Supossa Matti Saarelaisen ura jatkui nousujohteisena.
Vuonna 2016 Matti Saarelainen siirtyi töihin valtioneuvoston kansliaa perustamaan EU:n hybridiuhkien torjunnan osaamiskeskusta. Saarelaisesta tuli vuonna 2017 Hybridikeskuksen ensimmäinen johtaja. Saarelainen joutui kuitenkin palaamaan Hybridikeskuksesta Supoon STT:n mukaan siksi, koska hän syyllistyi seksuaaliseen häirintään.
Aikoinaan suhteellisen tiukasta maahanmuuttolinjastaan tunnettu sisäministeri Kari Rajamäki kertoi Matti Saarelaisen lähtöön vaikuttaneista syistä hiljattain Iltalehdelle. Myös STT:n tekemä paljastus Matti Saarelaisen seksuaalisesta häirinnästä tuli julki melko äskettäin.